Ziya Gökalp, 23 Mart 1876'da Diyarbakır'da dünyaya geldi. Asıl ismi Mehmet Ziya’dır. Babası, aslen Çermikli olan Vilayet Evrak Memuru Mehmet Tevfik Efendi, annesi Zeliha Hanım’dır. Babasını henüz lisedeyken 1890 senesinde, annesini ise 1923 senesinde kaybetmiştir. 1900 senesinde Diyarbakır’da amcasının kızıyla evlenmiş ve üç çocuk sahibi olmuştur.
Eğitimine doğduğu yer olan Diyarbakır’da başladı. 1886’da Mektebi Rüştiye-i Askeriyye’ye (Askeri Lise) girdi; özgürlük düşüncesini ilk defa bu okuldaki hocası Kolağası (Önyüzbaşı) İsmail Hakkı Bey aşıladı. Askeri rüştiyenin son sınıfında iken babasını kaybetti. 1890’da amcası Müderris Hacı Hasip Bey’den geleneksel İslâm ilimleri ile ilgili ders almaya başladı.Öğrenimine İstanbul’da devam etmek istediyse de bu imkânı bulamayınca 1891’de Diyarbakır’da İdadi Mülkiye’nin(Sivil Lise) ikinci sınıfına kaydoldu. O sırada okul süresinin beş yıldan yedi yıla çıkması üzerine 1894’te okuldan ayrıldı.Liseden ayrıldıktan sonra amcasından Arapça ve Farsça dersleri aldı. Tasavvufla ilgilendi. Fransızca öğrenmeye başladı. Diyarbakır’daki kolera salgını nedeniyle bu şehirde görevli olan Doktor Abdullah Cevdet Bey ile tanıştı, fikirlerinden etkilendi. Ekonomik sıkıntılar sebebiyle öğrenimine devam etmek için İstanbul’a gidememesi ve ailesinin evlenmesi için baskı yapması üzerine Ziya Gökalp henüz 18 yaşındayken intihara kalkıştı. İntihar girişiminin sebebi olarak idadideki hocası Dr. Yorgi Efendi’den aldığı felsefe eğitimi ve ailesinin verdiği dini eğitim arasında yaşadığı çatışma da gösterilmektedir. Kafasına sıktığı kurşun, morfinsiz bir ameliyatla çıkarıldı. Ameliyatı gerçekleştiren Dr. Abdullah Cevdet Bey ve Diyarbakır’da bulunan genç bir Rus operatördü. İntihar girişiminden sonra kendisini tekrar okumaya verdi. Özgürlüğe düşman olanlara çatan pek çok şiir yazdı.1896'da , Erzincan Askeri Lisesi’nde öğrenci olan kardeşi Nihat sayesinde Harp Okulu öğrencileriyle birlikte İstanbul'a giden Gökalp, ücretsiz olduğu için Baytar Mektebi'ne kaydını yaptırdı.Buradaki öğrenimi sırasında ülkedeki özgürlük hareketine katılmış insanlarla tanışmaya çalıştı; İbrahim Temo ve İshak Sükûti ile görüştü. Jön Türkler’den etkilendi. İttihat ve Terakki Cemiyeti’ne katıldı. “Yasak yayınları okumak ve muhalif derneklere üye olmak” nedeniyle 1898’de tutuklandı. Bir yıl cezaevinde kaldı. Bu sebeple yüksek öğrenimini tamamlayamadı.
1912’de İttihat ve Terakki Derneği Merkezi’nin İstanbul’a taşınmasıyla birlikte Ziya Gökalp de İstanbul’a döndü. Mart ayında Ergani/Maden mebusu olarak Meclis-i Mebusan'a seçildi. Meclis dört ay sonra kapatılınca Edebiyat Fakültesi’nde öğretim görevlisi oldu. Kurumda onun eğitimle ilgili görüşleri kabul gördü; Darülfünun ve Eğitim Fakültesi’nde ders programları, okutulacak kitaplar onun önerileri doğrultusunda kararlaştırıldı. 1913-14 yıllarında kendisine önerilen Maârif Nazırlığı görevini kabul etmedi, üniversitedeki görevini sürdürdü. 1915’te İstanbul Üniversitesi’nin Felsefe bölümünde İçtimâiyyât müderrisi (Sosyoloji öğretim görevlisi) olarak atandı. İstanbul Üniversitesi’ndeki ilk sosyoloji profesörü idi; üniversitelerimize sosyoloji, onun sayesinde girdi. 1923'te Maarif Vekaleti Telif ve Tercüme Heyeti Başkanlığı'na atandı, Ankara'ya gitti.
O dönemde bölgenin güvenliği amacıyla kurulan ve başında İbrahim Paşa'nın bulunduğu Hamidiye Alayları hırsızlık ve soygun olaylarına karışınca halkı örgütleyerek eyleme yöneltti. 3 gün boyunca Diyarbakır Telgrafhanesini işgal ederek buradan saraya İbrahim Paşa ve adamlarının cezalandırılmaları için telgraflar çekmeye başladı.Doğu ile Batı arasındaki kilit bağlantı noktalarından olan Diyarbakır Telgrafhanesi’nin işgali işin içine Batılı devletlerin de karışmasına neden oldu. Onların da saraya yaptığı baskı neticesinde bölgeye araştırma heyeti gönderildi. Bir süre için sinen İbrahim Paşa ve adamları sonraları aynı kanunsuzluklara yeniden başlayınca Ziya Gökalp ve arkadaşlarının önderliğindeki halk bu sefer 11 gün boyunca telgrafhaneyi yeniden işgal ettiler. Bu direnişin sonunda İbrahim Paşa ve adamları bölgeden uzaklaştırılmıştır.II. Meşrutiyet’ten sonra İttihat ve Terakki'nin Diyarbakır şubesini kurdu ve temsilcisi oldu.Mehmet Ziya, 1909'da Selanik'te toplanan İttihat ve Terakki Kongresi'ne Diyarbakır delegesi olarak katıldı ve örgütün Selanik’teki merkez yönetim kuruluna üye olarak seçildi.Selanik’te kalmayı sürdürerek çevresinde bir kültür hareketi oluşturmaya çalıştı. Lise programlarına sosyal bilimler dersi koydurtarak bu disiplinin okullarımıza girmesini sağladı.İttihat ve Terakki Selanik Şubesi’nin gençlik kolunun başına geçen Mehmet Ziya, gençlere sosyoloji ve felsefe dersleri verdi. Tevfik Sedat, Demirtaş, Gökalp gibi takma adlarla Selanik’te yayımlanan bir felsefe dergisinde yazılar yazdı.1912'de Derneğin merkezi İstanbul’a taşınınca, Ziya Gökalp de İstanbul’a geldi, Cerrahpaşa semtine yerleşti. Düşüncelerini Türkçülük etrafında şekillendiren Mehmet Ziya, İstanbul’a gelir gelmez Türk Ocağı'nın kurucuları arasında yer almıştı. İkinci Dönem Türkiye Büyük Millet Meclisi'ne Atatürk tarafından Diyarbakır mebusu olarak seçildi.
Mehmet Ziya, "Türk Yurdu" başta olmak üzere Halka Doğru, İslâm Mecmuası, Millî Tetebbûlar Mecmuası, İktisadiyat Mecmuası, İçtimaiyat Mecmuası, Yeni Mecmua'da yazılar yazdı. Balkan Savaşı öncesinden I. Dünya Savaşı başlarına kadar Türk Yurdu dergisinin yönetim kurulunda kaldı, derginin her sayısına bir şiir bir de yazı yazdı. Türkleşmek-İslâmlaşmak-Muasırlaşmak başlıklı yazı dizisini kaleme aldı.1904- 1908 arasında Diyarbakır Gazetesi’nde şiir ve yazılarını yayımladı. İbrahim Paşa’nın halka yaptığı zulümleri "Şaki İbrahim Destanı" adlı yapıtında anlattı. Ziya Gökalp, bir yandan da eser vermeyi sürdürüyordu. 1914’te "Kızıl Elma"; 1918’de ise “Türkleşmek, İslâmlaşmak, Muasırlaşmak" adlı eseri ile "Yeni Hayat" isimli şiir kitabını yayımladı.
I. Dünya Savaşı'nda Osmanlı Devleti'nin yenilmesinden sonra tüm görevlerinden alındı. 1919'da üniversite içinde İngilizler tarafından tutuklandı; dört ay Bekirağa Bölüğü’nde tutuklu kaldıktan sonra Ermeni soykırımı iddiaları ile ilgili işgal mahkemesi tarafından yargılandı. Mahkemede soykırım iddialarını kesinlikle reddetmiş ve Mukatele (karşılıklı öldürme) tezini savunmuştur. Yargılama sonucu diğer İttihatçılarla birlikte Malta’ya sürgüne gönderilen Ziya Gökalp, orada arkadaşlarına toplumbilim ve felsefe dersleri verdi. Malta sürgünlüğü döneminde ailesiyle yaptığı mektuplaşmalar daha sonra “Limni ve Malta Mektupları” adıyla kitaplaştırılmıştır; sözkonusu kitap orada geçirdikleri hayat şartlarıyla ilgili elimizdeki tek eserdir.Mustafa Kemal tarafından Mebus seçildiği sene Türkçülüğün Esasları isimli ünlü eserini yayımladı. Ankara’ya yerleşen Ziya Gökalp, kültürel ve düşünsel çalışmalarına hiç ara vermedi; dünya klasiklerinin Türkçeye çevrilip yayımlanmasına çalıştı.1924'te kısa süren bir hastalığın ardından dinlenmek için gittiği İstanbul'da 25 Ekim 1924 günü hayatını kaybetti. Fatih'teki II. Mahmud Türbesi hazîresine defnedildi.